Die Chirurgie der Hypospadie ist komplikationsträchtig und wird je nach Zentrum, Form der Hypospadie und angewendeter Methode zwischen 5 und 40% angegeben. Man unterscheidet Früh- und Spätkomplikationen. Die häufigsten Komplikationen sind Fistelbildung, Meatus- und Urethrastrikturen und urethrale Divertikelbildung. Der komplette Zusammenbruch der Urthraplastik stellt die Maximalform der Komplikation dar. Die Komplikationsrate hängt von der Form der Hypospadie, von der Erfahrung des Operierenden, ob Erst- oder Rezidiveingriff und anderen Faktoren. Postoperative Wundinfekte sind selten. Fisteln stellen die häufigste Komplikation dar. In der Regel führt eine der oben genannten Komplikation zur Reoperation. Snyder et al. berichten die Komplikationen großer amerikanischer Zentren  und geben die Reoperationsrate mit 23% und die Re- Reoperationsrate mit 36% an. Multiple nicht erfolgreiche Operationen am Penis aufgrund von Komplikationen führen zur Vernarbung, Hypovaskularisation, Balanitis xerotica obliterans und Penisverkürzung.