Das St. Anna Kinderspital hat den Status einer "gemeinnützigen, nicht öffentlichen Sonderkrankenanstalt". Es werden alle Erkrankungen im Kindes- und Jugendalter (0-18 Jahre) behandelt. Die Kooperation mit der Kinderklinik und Kinderchirurgie des AKH ist eng.
Das Krankenhaus verfügt über insgesamt acht Stationen, darunter eine Säuglingsstation, zwei allgemein-pädiatrische Stationen, eine Hals-Nasen-Ohren-Station, zwei onkologische Basisstationen, eine Knochenmarkstransplantations-Station sowie eine eigene Intensivstation, die vor allem zur Überwachung von PatientInnen nach Knochenmarktransplantationen genutzt wird.
Daneben gibt es für den allgemein-pädiatrischen Bereich eine allgemeine Ambulanz (inklusive Notfallambulanz rund um die Uhr) mit weiteren Spezialambulanzen zur Erstversorgung und Nachbehandlung. Im onkologischen Bereich ist eine onkologische Ambulanz sowie eine Nachsorgeambulanz eingerichtet. Seit Sommer 1997 ist eine Tagesklinik der onkologischen Basisstationen in Betrieb. Zur genauen Diagnose der Erkrankungen stehen modernste Einrichtungen und Geräte zur Verfügung.
Ärztlicher Direktor des St. Anna Kinderspitals: Univ.-Prof. Dr. Helmut Gadner